Die "Malteser" oder Johanniterorden waren zunächst eine militärische Organisation zur Verteidigung der vom Islam bedrohten Christenheit und Rückeroberung der Heiligen Stätten. Zur Zeit der Auflösung des Jesuitenordens waren es einige adelige Herren, die im Kloster St. Magdalena einzogen und in der MC kaum Spuren hinterließen. Im Jahre 1808 war ihre Tätigkeit zu Ende.

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Malteserkreuz: In der St. Magdalenakirche befindet sich im Giebel des Hochaltares das Malteserkreuz in weißem Marmor, der in roten eingelegt ist. Ein kleineres, vergoldetes findet sich im Antipendium des Hochaltars. Als der Hochaltar 1795 errichtet wurde, waren die Jesuiten nicht mehr in Altötting. Nach der Vertreibung der Jesuiten wurde das Kloster 1781 Malteserkommende, die dem bairischen Priorat der Malteser unterstand. Sie führten in den Jahren 1791-95 eine große Kirchenrenovierung durch. 1807 wurde die Kommende infolge der Säkularisation wieder aufgelöst. Weltpriester zogen ein, dann vorübergehend das Forstamt, bis die Redemptoristen das Haus 1841 - 1873 bewohnten.